为了保护存款人的合法利益，对于被依法吊销经营许可证的商业银行，国务院银行业监督管理机构应当及时组织清算组，进行清算。因为被撤销的商业银行虽然有违法行为，应当停止其经营活动，但是存款人和其他客户的合法利益不能因为经营许可证被吊销受到影响。根据公司法第一百九十二条的规定，公司违反法律、行政法规被依法责令关闭的，应当解散，由有关主管机关组织股东、有关机关及有关专业人员成立清算组，进行清算。所以，清算组应当由国务院银行业监督管理机构负责组建，不能由被撤销的商业银行自行成立。清算组有权对商业银行的财产进行清理，分别编制资产负债表和财产清单，及时了结该银行的业务，通知债权人申报自己的债权，制订还款计划，保证及时偿还存款人的存款本金和利息等债务。此外，根据中华人民共和国银行业监督管理法第四十条的规定，在撤销清算期间，经国务院银行业监督管理机构负责人批准，对直接负责的董事、高级管理人员和其他直接责任人员，可以采取下列措施：（1）直接负责的董事、高级管理人员和其他直接责任人员出境将对国家利益造成重大损失的，通知出境管理机关依法阻止其出境；（2）申请司法机关禁止其转移、转让财产或者对其财产设定其他权利。
　　应当指出的是，商业银行因吊销经营许可证被撤销，不同于因分立和合并被撤销的情形。吊销经营许可证是国务院银行业监督管理机构为了保证金融业的稳健运行，防止金融秩序混乱，对违法经营的商业银行采取的一种强制性制裁手段，被处罚的商业银行只能依法执行国务院银行业监督管理机构的决定。而合并或者分立等情况，商业银行是可以依法自己提出申请的，只要经国务院银行业监督管理机构批准即可。