(三)代表国家行使国家财产所有权的主体
　　本条第二款是对代表国家行使国家财产所有权的主体的规定。在征求意见过程中，有的认为，由“国务院代表国家行使国家所有权”可操作性不强。有的提出，国有自然资源的所有权实际上有不少是由地方人民政府具体行使的，应规定地方人民政府也有权代表国家具体行使国有自然资源的所有权。有的建议，明确实践中行使所有权的地方各级政府同国务院之间的关系是委托还是授权。有的认为，应该由全国人民代表大会代表国家行使国家财产所有权。立法机关经研究认为，依据宪法规定，全国人民代表大会是最高国家权力机关，国务院是最高国家权力机关的执行机关。全国人民代表大会代表全国人民行使国家权力，体现在依法就关系国家全局的重大问题做出决定，而具体执行机关是国务院。我国的许多法律已经明确规定由国务院代表国家行使所有权。例如土地管理法第二条第二款规定：“全民所有，即国家所有土地的所有权由国务院代表国家行使。”矿产资源法第三条第一款中规定：“矿产资源属于国家所有，由国务院行使国家对矿产资源的所有权。”水法第三条中规定：“水资源属于国家所有。水资源的所有权由国务院代表国家行使。”草原法第九条第一款中规定：“国家所有的草原，由国务院代表国家行使所有权。”海域使用管理法第三条第一款中规定：“海域属于国家所有，国务院代表国家行使海域使用权。”党的十五届四中全会报告中指出：“国务院代表国家统一行使国有资产所有权，中央和地方政府分级管理国有资产，授权大型企业、企业集团和控股公司经营国有资产。”
　　由国务院代表国家行使所有权也是现行的管理体制。本法规定：“国有财产由国务院代表国家行使所有权；法律另有规定的，依照其规定。”这样规定，既符合人民代表大会制度的特点，也体现了党的十六大关于国家要制定法律法规，建立中央政府和地方政府分别代表国家履行出资人职责，享有所有者权益的国有资产管理体制的要求。全国人民代表大会通过立法授权国务院代表国家行使国家所有权，正体现了全国人民代表大会的性质及其行使职权的特点。当然，国务院代表国家行使所有权，应当依法对人大负责，受人大监督。
　　国有财产由国务院代表国家行使所有权，同时依照法律规定也可以由地方人民政府等部门行使有关权利。我国很多法律法规对此都有相应的规定，如土地管理法第五条规定：“国务院土地行政主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。县级以上地方人民政府土地行政主管部门的设置及其职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据国务院有关规定确定。”草原法第八条规定：“国务院草原行政主管部门主管全国草原监督管理工作。县级以上地方人民政府草原行政主管部门主管本行政区域内草原监督管理工作。乡(镇)人民政府应当加强对本行政区域内草原保护、建设和利用情况的监督检查，根据需要可以设专职或者兼职人员负责具体监督检查工作。”森林法第十条规定：“国务院林业主管部门主管全国林业工作。县级以上地方人民政府林业主管部门，主管本地区的林业工作。乡级人民政府设专职或者兼职人员负责林业工作。”水法第十二条规定：“国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作。国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构(以下简称流域管理机构)，在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。县级以上地方人民政府水行政主管部门按照规定的权限，负责本行政区域内水资源的统一管理和监督工作。”矿产资源法第十一条规定：“国务院地质矿产主管部门主管全国矿产资源勘查、开采的监督管理工作。国务院有关主管部门协助国务院地质矿产主管部门进行矿产资源勘查、开采的监督管理工作。省、自治区、直辖市人民政府地质矿产主管部门主管本行政区域内矿产资源勘查、开采的监督管理工作。省、自治区、直辖市人民政府有关主管部门协助同级地质矿产主管部门进行矿产资源勘查、开采的监督管理工作。”煤炭法第十二条规定：“国务院煤炭管理部门依法负责全国煤炭行业的监督管理。国务院有关部门在各自的职责范围内负责煤炭行业的监督管理。县级以上地方人民政府煤炭管理部门和有关部门依法负责本行政区域内煤炭行业的监督管理。”渔业法第六条规定：“国务院渔业行政主管部门主管全国的渔业工作。县级以上地方人民政府渔业行政主管部门主管本行政区域内的渔业工作。县级以上人民政府渔业行政主管部门可以在重要渔业水域、渔港设渔政监督管理机构。”矿产资源法实施细则第三条第二款规定：“国务院代表国家行使矿产资源的所有权。国务院授权国务院地质矿产主管部门对全国矿产资源分配实施统一管理。”