之所以对于土地资源、矿产资源、水资源等自然资源实行有偿使用制度，是因为：(1)在社会主义公有制条件下，只有实行自然资源有偿使用制度，才能使自然资源所有权在经济上更充分地得到实现，从而真正保障社会主义公有制的主体地位。自然资源是巨大的社会财富，随着经济和社会的发展，其价值日益上升。只有收益归公有，才能充分体现自然资源的社会主义公有制。在自然资源使用制度改革前，国家曾长期以行政手段无偿提供土地资源、水资源等自然资源给企业、事业单位使用。本应归公有的大量资源收益留在使用者手中，国家缺乏调剂余缺的力量，难以实现自然资源在社会化生产中的优化配置，自然资源的公有制在很大程度上被虚化。通过改革，推行自然资源的有偿使用制度，国家代表全体人民掌握了自然资源的收益，就有了足够的财力进行宏观调控，组织社会生产。(2)在社会主义市场经济条件下，只有实行自然资源有偿使用制度，才能充分发挥市场对经济发展的积极作用。社会主义市场经济是一个包括了生产资料市场、消费品市场以及资金、劳动力、自然资源等生产要素使用权市场的完整体系。重要自然资源作为基本的生产要素，其使用权不进入市场流通，社会主义市场体系就不完善，难以充分发挥市场优化配置、公平竞争的作用。在过去的使用制度下，自然资源使用者既没有压力，也没有动力，多占少用，早占晚用，占优用劣、占而不用甚至乱占滥用，严重浪费了宝贵的自然资源。同时，占有资源较多且质量优越的企业，与占有较少、质量较差的企业实际上处于不平等竞争的地位。通过有偿、能流动的自然资源使用制度，将自然资源的使用权作为生产要素交市场调节，才能合理配置自然资源，实现最大的资源利用效益。
　　2．自然资源的无偿使用
　　土地管理法、水法等法律同时规定了自然资源的无偿使用作为有偿使用基本原则的例外。例如土地管理法第二条，水法第七条的例外条款。
　　之所以在自然资源使用制度改革后仍然保留无偿使用自然资源的例外情况，主要是因为：(1)通过划拨等方式无偿取得土地等自然资源的使用权的情况仍然有存在的必要性。一些公益事业、公共建设仍然需要有相应的扶持。(2)农村集体经济组织和农民已有的使用水资源等自然资源的权益应当得到维护，以避免增加农民负担。这也是促进农业和农村持续、稳定、健康发展，实现全面建设小康社会的目标以及构建和谐社会所必需的。
　　无偿使用作为自然资源使用制度中的例外和补充，其适用范围和条件是受到严格限制的。以划拨取得土地使用权为例：土地管理法第五十四条，对划拨土地明确规定为四种情形。城市房地产管理法第三十九条，对划拨取得土地使用权的房地产的转让规定了限制条件。对自然资源的无偿使用必须严格遵守法律规定的范围和条件，发挥对自然资源有偿使用制度的有益补充作用。